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DNA親和純化測(cè)序技術(shù)(DAP-seq)——近期發(fā)表的文章

更新時(shí)間:2022-12-23   點(diǎn)擊次數(shù):1407次

在功能基因組學(xué)和表觀遺傳學(xué)研究中,轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合位點(diǎn)(TFBS)的發(fā)掘一直是研究熱點(diǎn)。傳統(tǒng)的ChIP-seq(染色質(zhì)免疫共沉淀測(cè)序)方法,在抗體質(zhì)量很好的情況下能夠有效檢測(cè)到TFBS。然而,好的抗體可遇不可求,這限制了ChIP-seq更廣泛的應(yīng)用。

DAP-seq技術(shù)的出現(xiàn),使TFBS 的研究不再局限于物種,不再受抗體質(zhì)量的限制,為生命科學(xué)領(lǐng)域轉(zhuǎn)錄因子的研究提供了新的有效工具。

藍(lán)景科信為您提供DAP-seq全流程技術(shù)服務(wù)和個(gè)性化數(shù)據(jù)分析,具有100多個(gè)物種,500多個(gè)轉(zhuǎn)錄因子的實(shí)戰(zhàn)經(jīng)驗(yàn)。歡迎咨詢。


已做物種

植物:

擬南芥、莖瘤芥、甘藍(lán)型油菜、白菜型油菜、不結(jié)球白菜、菜心、小麥、大麥、花生、辣椒、番茄、草莓、黃花棘豆、苦蕎、紅薯、木薯、馬鈴薯、普通煙草、人參、鴨茅、yingsu、甘蔗、短芒大麥草、二色補(bǔ)血草、煙草、百脈根、芍藥、丹參、狗尾草、菠菜、玉米、大豆、高粱、藜麥、陸地棉、甜瓜、黃瓜、葡萄、灰氈毛忍冬、粉葛、三葉青、獼猴桃、香蕉、蒺藜苜蓿、紫花苜蓿、伴礦景天、苔蘚、地錢、毛果楊、717楊、84K楊、小黑楊、胡楊、山新楊、小葉楊、歐美楊、大青楊、毛白楊、剛毛檉柳、白樺、光皮樺、油松、毛竹、麻竹、銀杏、油桐、荔枝、柑橘、甜橙、歐洲云杉、核桃、柿子、閩楠、木荷、臍橙、板栗、棗、枳、杜梨、蘋果、桃、櫻桃、麻瘋樹、茶樹、梅、月季、海島棉

動(dòng)物:

驢、飛蝗、新孢子蟲

真菌:

擬輪枝鐮孢菌、豬苓真菌、意大利青霉、草酸青霉、腐霉、金黃殼囊孢、靈芝、糙皮側(cè)耳、草菇、灰蓋鬼傘、蟲草、亞洲鐮刀菌

細(xì)菌:

路德維希腸桿菌、嗜熱厭氧桿菌、生氮假單胞菌、伯克赫爾德氏菌、布魯氏菌、肺炎克雷伯菌


以下是近期藍(lán)景科信的客戶發(fā)表的DAP-seq相關(guān)文章:


2022年10月,浙江大學(xué)農(nóng)業(yè)與生物技術(shù)學(xué)院宋鳳鳴課題組的最新研究成果,發(fā)表在學(xué)術(shù)期刊Journal of Integrative Plant Biology(IF=9.106)上,文章題目為“The NAC transcription factor ONAC083 negatively regulates rice immunity against Magnaporthe oryzae by directly activating transcription of the RING-H2 gene OsRFPH2-6"。該研究使用DNA親和純化測(cè)序(DAP-seq) 技術(shù)鑒定了水稻中轉(zhuǎn)錄因子ONAC083的結(jié)合基序和靶基因。進(jìn)一步研究揭示了OsNAC083通過(guò)結(jié)合ACGCAA元件影響OsRFPH2-6轉(zhuǎn)錄,進(jìn)而負(fù)調(diào)控水稻對(duì)稻瘟病的抗性。


2022年9月,中國(guó)熱帶農(nóng)業(yè)科學(xué)院熱帶生物技術(shù)研究所功能基因研究組在雜志Plant Biotechnology Journal(IF=13.263)在線發(fā)表了題為 “A CC-type glutaredoxin, MeGRXC3, associates with catalases and negatively regulates drought tolerance in cassava (Manihot esculenta Crantz)" 的研究論文,證實(shí)了CC類谷氧還蛋白MeGRXC3可以在轉(zhuǎn)錄和轉(zhuǎn)錄后水平調(diào)控過(guò)氧化氫酶的活性、影響過(guò)氧化氫在葉片表皮不同類型細(xì)胞中的分布,從而調(diào)控木薯對(duì)干旱脅迫的響應(yīng)。


2022年8月,廣西大學(xué)農(nóng)學(xué)院甘蔗生物學(xué)重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室/亞熱帶農(nóng)業(yè)生物資源保護(hù)與利用國(guó)家重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室張木清/姚偉研究團(tuán)隊(duì)在

Journal of Experimental Botany(IF=7.298)在線發(fā)表了題為“ScAIL1 modulates plant defense responses by targeting DELLA and regulating GA and JA signaling"的研究論文,該研究發(fā)現(xiàn)了一個(gè)甘蔗新的AP2家族轉(zhuǎn)錄因子ScAIL1,通過(guò)靶向DELLA調(diào)節(jié)JA與GA合成,平衡植物生長(zhǎng)與防御。



2022年8月,安徽農(nóng)業(yè)大學(xué)、中國(guó)水稻研究所和上海市農(nóng)業(yè)科學(xué)院作物育種栽培研究所在The Plant Journal(IF=5.726)期刊聯(lián)合發(fā)表了題為“OsSGT1 promotes melatonin-ameliorated seed tolerance to chromium stress by affecting the OsABI5-OsAPX1 transcriptional module in rice"的文章,揭示了OsSGT1和ABI5相互作用,調(diào)控OsAPX1的表達(dá),促進(jìn)褪黑素改善種子在鉻污染條件下萌發(fā)的分子機(jī)制。


2022年8月,揚(yáng)州大學(xué)生物科學(xué)與技術(shù)學(xué)院、植物功能基因組學(xué)教育部重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室高勇課題組在The Plant Cell(IF=12.085)上在線發(fā)表了題為“Phytochrome Interacting Factor Regulates Stomatal Aperture by Coordinating Red Light and Abscisic Acid"的研究論文,揭示了光敏色素互作因子(phytochrome interacting factors, PIFs)通過(guò)協(xié)調(diào)紅光和脫落酸(ABA)信號(hào)調(diào)節(jié)氣孔開度的分子機(jī)制。


2022年7月,北京市農(nóng)林科學(xué)院玉米DNA指紋及分子育種北京市重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室、齊魯師范大學(xué)玉米分子育種研究院的共同研究成果,在學(xué)術(shù)期刊Theoretical and Applied Genetics(IF=5.574)上發(fā)表,題目為“ A newly characterized allele of ZmR1 increases anthocyanin content in whole maize plant and the regulation mechanism of diferent ZmR1 alleles"。本文主要研究?jī)?nèi)容是鑒定了玉米花青素合成相關(guān)等位基因ZmR1CQ01,并揭示了3個(gè)ZmR1等位基因的生物學(xué)功能和分子調(diào)控機(jī)制。


2022年5月,中科院植物所王雷研究組在Plant Physiology(IF=8.005)期刊上發(fā)表了題為“Rice CIRCADIAN CLOCK ASSOCIATED1 transcriptionally regulates ABA signaling to confer multiple abiotic stress tolerance"的研究成果。該研究揭示了OsCCA1調(diào)控水稻適應(yīng)鹽脅迫、干旱脅迫以及滲透脅迫的分子機(jī)制。其中,該研究使用了DNA親和純化測(cè)序技術(shù)(DAP-seq,DNA Affinity Purification Sequencing),鑒定了水稻生物鐘核心組分OsCCA1(Oryza sativa CIRCADIAN CLOCK ASSOCIATED 1)調(diào)控的下游靶基因。


2020年4月,北京工商大學(xué)與藍(lán)景科信合作,Biochemical and Biophysical Research Communications(IF=3.322)發(fā)表了題為“ Phytochrome-interacting factors regulate seedling growth through ABA signaling"的文章,為揭示PIFs轉(zhuǎn)錄因子調(diào)控ABA信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo)機(jī)制提供了重要線索。


2019年9月,北京林業(yè)大學(xué)和藍(lán)景科信合作,在植物學(xué)主流學(xué)術(shù)期刊Journal of Experimental Botany上(IF=5.36),發(fā)表了題為“Populus euphratica WRKY1 binds the promoter of H±ATPase gene to enhance gene expression and salt tolerance"的研究成果。該研究借助DNA親和純化測(cè)序(DNA Affinity Purification Sequencing,DAP-seq)技術(shù),深入揭示了胡楊耐鹽的分子機(jī)制。

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