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DAP-seq助力揭示GhRCD1促進棉花對鎘的耐受調(diào)節(jié)機制

更新時間:2024-04-29   點擊次數(shù):317次

鎘(Cd2+)是環(huán)境中最常見的有害重金屬之一,嚴(yán)重威脅作物生產(chǎn)力和質(zhì)量以及食品安全。Cd2+容易被植物從土壤中吸收,并通過可食用的植物器官和谷物進入食物鏈,對食品質(zhì)量、糧食安全和公共安全構(gòu)成威脅。

植物修復(fù)是減少土壤污染的有效途徑之一。棉花作為一種重要的非食用經(jīng)濟作物,與糧食作物(小麥、水稻和玉米)、油料作物(花生和大豆)和蔬菜(豆類、黃瓜和番茄)相比,在修復(fù)土壤Cd2+污染方面具有天然優(yōu)勢,避免了Cd2+進入食物鏈的風(fēng)險。因此,探究棉花響應(yīng)鎘脅迫的調(diào)控機制至關(guān)重要。

2024年1月16日,中國農(nóng)業(yè)科學(xué)院棉花研究所李付廣研究員團隊的研究成果,發(fā)表在Plant Biotechnology Journal期刊上(IF=13.8),文章題目是“GhRCD1 promotes cotton tolerance to cadmium by regulating the GhbHLH12-GhMYB44-GhHMA1 transcriptional cascade" 。該研究使用DNA親和純化測序(DAP-seq)等分子相互作用研究方法,發(fā)現(xiàn)了調(diào)節(jié)棉花Cd2+耐受性的分子級聯(lián)反應(yīng),揭示了GhRCD1通過調(diào)控GhbHLH12-GhMYB44-GhHMA1轉(zhuǎn)錄級聯(lián)通路響應(yīng)鎘脅迫的分子機制,為培育耐鎘棉花新品種和通過植物修復(fù)手段降低鎘污染提供了新思路。

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1.突變ghrcd1 基因降低棉花Cd2+耐受性

為探究Cd2+對棉花毒性的分子機制,作者通過T-DNA插入得到對Cd2+敏感的突變體ghrcd1。Cd2+處理后,通過表型觀察,RT-qPCR分析,PI染色,葉綠體結(jié)構(gòu)觀察,SPAD分析等實驗發(fā)現(xiàn),ghrcd1幼苗比WT植株表現(xiàn)出更低的Cd2+耐受性,這表明,抑制GhRCD1表達(dá)會降低棉花Cd2+耐受性,GhRCD1在棉花應(yīng)對鎘脅迫時具有正向調(diào)節(jié)作用。

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2.敲除棉花GhRCD1基因,降低棉花Cd2+耐受性

為了進一步研究GhRCD1在棉花耐鎘脅迫中的作用,作者構(gòu)建了KO-GhRCD1株系和OE-GhRCD1株系。Cd2+處理后,通過表型觀察,PI染色,葉綠體結(jié)構(gòu)觀察,SPAD分析等實驗發(fā)現(xiàn),與WT相比,KO-GhRCD1的Cd2+耐受性更低,OE-GhRCD1的Cd2+耐受性更高。這些結(jié)果表明GhRCD1能減弱Cd2+對棉花的毒性。

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3.GhRCD1與GhbHLH12在體外和體內(nèi)均存在相互作用

作者使用GhRCD1為誘餌蛋白,對棉花應(yīng)激響應(yīng)蛋白庫進行Y2H篩選,結(jié)果發(fā)現(xiàn)GhbHLH12轉(zhuǎn)錄因子與GhRCD1存在相互作用。而后通過BiFC、GST pull down和LCI實驗進一步驗證了這一結(jié)果。這些結(jié)果表明GhRCD1與GhbHLH12在體外和體內(nèi)都能與GhbHLH12相互作用。

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4.抑制GhbHLH12表達(dá)增強棉花Cd2+耐受性

為探究GhbHLH12是否參與了棉花應(yīng)對Cd2+脅迫的反應(yīng),作者構(gòu)建了棉花的OE-GhbHLH12株系和GhbHLH1-RNAi株系。Cd2+處理后,GhbHLH1-RNAi的Cd2+耐受性增加,OE-GhbHLH12的Cd2+耐受性降低。為確定GhbHLH12在調(diào)節(jié)Cd2+耐受性中是否有基因依賴性,作者敲除GhbHLH12得到KO-GhbHLH12株系,Cd2+處理后,KO-GhbHLH12植株比對照植株具有更高的耐受性。這些結(jié)果說明,抑制GhbHLH12表達(dá)增強了棉花的Cd2+耐受性。

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5.GhRCD1減弱GhbHLH12對GhMYB44的轉(zhuǎn)錄抑制作用,提高棉花Cd2+耐受性

為探究GhbHLH12抑制棉花Cd2+耐受性的機制,作者對WT幼苗進行了RNA-seq和DAP-seq聯(lián)合分析。DAP-seq結(jié)果顯示GhbHLH12在GhMYB44的啟動子區(qū)域有顯著富集,而后,Y1H和EMSA實驗證實了GhbHLH12蛋白和GhMYB44的結(jié)合基序G-box相互作用。LUC/REN報告實驗表明GhbHLH12抑制GhMYB44的轉(zhuǎn)錄,而GhRCD1可以減弱GhbHLH12對GhMYB44的抑制作用,EMSA結(jié)果也表明GhRCD1減弱了GhbHLH12與GhMYB44的結(jié)合,結(jié)合RT-qPCR實驗結(jié)果,說明GhRCD1和GhbHLH12分別是Cd2+耐受性的正負(fù)調(diào)節(jié)因子,并且在Cd2+脅迫下,轉(zhuǎn)錄調(diào)控存在復(fù)雜的相互作用。

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6.GhMYB44表達(dá)增強棉花Cd2+耐受性

為探究GhMYB44響應(yīng)Cd2+脅迫的機制,作者構(gòu)建了GhMYB44-OE1/5株系和GhMYB44-SRDX1/6株系。Cd2+處理后,與WT相比,GhMYB44-OE表現(xiàn)出更高的Cd2+耐受性,而SRDX-GhMYB44-1/6植株表現(xiàn)出更低的耐受性。這表明GhMYB44表達(dá)增強了棉花的Cd2+耐受性。隨后作者采用VIGS技術(shù)沉默對照和KO-GhbHLH12株系中的GhMYB44基因,結(jié)果表明GhMYB44在GhbHLH12的下游發(fā)揮作用。

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7.棉花應(yīng)對Cd2+脅迫的GhMYB44–GhHMAs轉(zhuǎn)錄級聯(lián)反應(yīng)

為探究棉花中GhMYB44提高Cd2+耐受性的作用機制,作者利用DAP-seq技術(shù)找到GhMYB44的10207個潛在結(jié)合位點,其中61.42%位于基因間區(qū),22.31%位于啟動子區(qū)。GO分析顯示,靶基因顯著富集在脅迫應(yīng)答(GhWRKY13和GhWRKY51)和金屬離子結(jié)合和運輸(GhHMA1、GhHMA2和GhHMA5)通路。為研究GhMYB44是否通過GhHMA1和GhHMA5在Cd2+轉(zhuǎn)運中發(fā)揮調(diào)控作用,作者通過Y1H、EMSA實驗驗證了GhMYB44特異性結(jié)合GhHMA1和GhHMA5的G-box(CATGTG)順式作用元件。LUC/REN報告實驗結(jié)果表明,GhMYB44可以直接激活GhHMA1和GhHMA5的轉(zhuǎn)錄來調(diào)控Cd2+的轉(zhuǎn)運。RT-qPCR分析表明Cd2+誘導(dǎo)GhHMA1和GhHMA5的上調(diào)在很大程度上取決于GhMYB44和KO-bHLH12的存在和功能。

為進一步探究GhHMA1和GhHMA5在Cd2+耐受機制中的生物功能,作者采用VIGS技術(shù)沉默棉花中的GhHMA1和GhHMA5基因,生成沉默品系,Cd2+處理后,沉默品系對Cd2+表現(xiàn)出更高的敏感性。結(jié)果表明GhMYB44-GhHMA1/5信號級聯(lián)反應(yīng)正向調(diào)控棉花的Cd2+耐受性。

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8.GhMYB44和GhPYL8協(xié)同調(diào)節(jié)ABA介導(dǎo)的Cd2+耐受性

為研究GhMYB44是否與ABA受體相互作用介導(dǎo)Cd2+耐受性,作者進行Y2H測定發(fā)現(xiàn)GhMYB44與ABA受體GhPYL8相互作用。隨后通過BiFC和蛋白pull-down實驗驗證了這一結(jié)果。為研究GhPYL8的生理功能,作者構(gòu)建了OE-GhPYL8-1/3/6株系,Cd2+處理后,與WT相比,OE - GhPYL8對Cd2+的耐受性更高。這些結(jié)果表明GhMYB44可以與GhPYL8相互作用來調(diào)節(jié)ABA介導(dǎo)的Cd2+耐受性。

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小結(jié):

本研究揭示了一個調(diào)控級聯(lián)反應(yīng),即GhRCD1GhbHLH12–GhMYB44–GhHMA1,闡明了棉花耐Cd2+遺傳調(diào)控的分子機制,為棉花耐Cd2+優(yōu)良品種的開發(fā)奠定了基礎(chǔ),預(yù)示著棉花植物修復(fù)的新時代。

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聯(lián)